مسجد جامع نایین با مقصوره‌ای منحصر به فرد، شبستانی وسیع و تزئیناتی خاصْ صد سال موضوع تحقیق مورخان معماری بوده است. بر اساس آراء دانشوران این مسجد به دوران صدر اسلام منسوب است. تقریباً همۀ دانشوران با توجه به مقصورۀ بنا، نقوش، گچ‌بری‌ها و کتیبه‌ها بنا را چنین تاریخ‌گذاری کرده‌‌اند. اما در این تاریخ‌گذاری به سایر دوره‌های حیات مسجد توجه نشده است.
در این تحقیق، مرضیه نیک‌نهاد، همۀ تاریخ مسجد جامع نایین از آغاز تا دورۀ قاجاریه و همۀ کالبد بنا را بررسی می‌کند. بدین منظور می‌کوشد، با نقد آراء موجود و بازخوانی بنا با تکیه بر خود بنا و شواهد متنی و تصویری روایت روشنی از تاریخ‌گذاری بنا عرضه کند. این تحقیق چهار فصل دارد. در فصل اول،«معرفی»، کالبد و تاریخچۀ مسجد بررسی می‌شود. در فصل دوم،«بنیاد»، با نقد آراء دانشواران دربارۀ زمان بنا کردن مسجد، پرسش جدیدی در این باره مطرح می‌شود. درفصل سوم،«در چند و چون پاره‌ها و فضاها»، شبستان‌ها، انتظام صحن و قبه‌ها بررسی می‌شود. در فصل چهارم،«مناره و درگاه‌ها»، پس از بحث دربارۀ قدمت مناره، علت ساخت مناره بررسی می‌شود. در پایان نیز سیر تحول بنای موجود بازخوانی می‌شود.
مرضیه نیک‌نهاد. «مسجد جامع نایین: بازخوانی ترکیب کالبدی و تاریخ‌گذاری‌ها».پایان‌نامۀ کارشناسی ارشد مطالعات معماری ایران. استاد راهنما: دکتر مهرداد قیومی بیدهندی. استاد مشاور: مهندس فرهاد نظری. تهران: دانشگاه شهید بهشتی، بهمن۱۳۹۲.
وبگاه تاریخ‌پژوهی و نظریه‌پژوهی معماری و هنر
