داستان مسجدعلی، هارونیه و مدرسۀ حاج‌حسن اصفهان داستانی عبرت‌آموز از جنس داستان‌های دورۀ گذارفرهنگی است.

مسجد علی بر مسجدی به نام جامع عمر تمیمی ساخته شده است. سال‌ها پس از ساخت سردر و گنبد مسجدعلی( ۹۲۹ق) در سال ۱۰۴۴ق،  عزالدین گلستانه در توصیف مکان دفن هارون از مسجدی به نام جامع عمر تمیمی یاد کرده است،  اما مردم عادی در همان سال‌ها مسجد را مسجد علی می‌نامیدند، نه مسجد عمر.

یکی از دو مدرسه مجاور مسجد علی، مدرسۀ حاج‌حسن (مدرسۀ شمالی مسجد علی) یا مدرسۀ هارونیه (مدرسۀ غربی امامزاده هارونیه) احتمالا همان مدرسۀ حنفیه است که سلطان محمد سلجوقی در اصفهان روبروی مدرسۀ نظامیه برپا کرد تا تمام فرق جز رافضیان مدرسه‌ای مختص فقه خود داشته باشند ؛پس هر دوی این مدارس ریشه‌‌ای سلجوقی دارند. سلطان محمد سلجوقی در مدرسۀ حنفیه دفن شد؛ جایی که در آستانۀ آن سنگ بتی را که از هند به غنیمت گرفته بود، برای خوارشمردن بت‌پرستی به خاک انداخت. تا ۹۳۰ق یعنی زمان نوشته‌شدن حبیب ‌السیر خاطرۀ فتح هند و بت غنمیتی سلطان هنوز زنده بود؛ اما در توصیف‌ها، جای اسامی کم‌کم عوض شد تا جایی که در مرآت ‌البلدان، این محمد سلجوقی بود که در کنار مدفن هارون دفن شده بود، نه هارون در کنار او.

 پس از شیعه ‌شدن حکومت، با این نشانه‌های آشکار حکومت‌های گذشته و مراکز تبلیغ مرام مخالف چگونه برخورد شد؟ شاه‌اسماعیل با اجیرکردن عده‌ای مدرسۀ ضالۀ حنفیه و  مدرسۀ نظامیه و مدرسۀ مشترک میان فرق سنیان را با خاک یکسان کرد؟ با مدفن سلطان سلجوقی  چه کرد؟

سردر نفیس مدرسۀ هارونیه که یا مدرسۀ حنفیه است یا مدرسۀ نظامیه،  در سال ۹۱۸ق در زمان حکومت شاه‌اسماعیل ساخته شد. راست یا دروغ، شاردن گفته وزیر شاه‌اسماعیل در زمان جوانی نذر کرده بود اگر کار و بارش رونق بگیرد مزار هارون را که آن هم بی‌رونق بی‌بوده، مرمت خواهد کرد؛ و امروز مدرسۀ مجاور بقعه به نام وزیر شاه‌اسماعیل است و نام شاه‌ بر سردر آن حک شده. با تجدید بنای مدرسۀ مجاور مقبرۀ هارون و ساخت سردر، هم مدرسه از تسلط خاطرۀ فتح هند و بت هندی خارج شد و هم کرامت هارون که واسطۀ استجابت دعای میرزاشاه‌حسین اعتمادالسلطنه بود بر سر زبان‌ها افتاد. اهمیت مزار هارونیه روز به روز بیشتر شد و کم‌کم مدفن سلطان سلجوقی در سایۀ آن محو شد، همان طور که گفتیم تغییر تربیت اسامی از تغییر اهمیت مسماها خبر می‌دهد. جالب اینکه ریشۀ تقدس بقعۀ هارونیه مشخص نیست. مسیحیان عقیده دارند در مقبره بر چاهی است که اشیای مقدس خود را در آن ریخته‌اند، یهودیان صاحب بقعه را هارون خاخام بزرگ خود می‌دانند و شیعیان هم او را  هارون پسر امام موسی کاظم(ع) می‌دانند؛ اما بنا بر قول معتبرتر در میان محققان شیعه، صاحب بقعه نوۀ امام هادی از پسرشان جعفر کذاب است، اما گردش روزگار به گونه‌ای رقم خورد (آن را به‌گونه‌ای رقم زدند) که قول ضعیف‌تر  رواج یابد و امروز هم همین قول ضعیف بر سر زبان‌هاست.

آنچه مسلم است امروز پس از گذشت پانصد سال از حکومت شاه‌اسماعیل، در خاطر مردم نامی از مدرسۀ حنفیه و سلطان سلجوقی نمانده است چرا که شاه‌اسماعیل صفوی سعی نکرد نام و مرام خود را با تخریب نام و یاد و مرام سلطان سلجوقی و تخریب ‌مدرسه‌ و بقعۀ دیگری در اذهان مردم حک کند، شاه‌اسماعیل با خوب ساختن، ساختن بنا و ساختن داستانی که بنا را در ساحت روایی فرهنگ توجیه‌پذیر کند، خود و بنای وابسته به خود را ماندگار کرد.